东京大学医科学研究所 (IMSUT) 由北里柴三郎博士于1892年作为传染病研究所 (IID) 成立。它是日本最大的生命科学研究所，主要从事癌症、感染症以及其它疑难杂症的医疗研究。

1893年东京大学医科学研究所附属医院成立，是日本唯一一家隶属于国立大学研究所的医院，1972年成立人工器官移植科（至1998年），在日本主导移植手术，主要是肾移植。浅野重隆教授（血液肿瘤科）在担任本院院长期间（1994-2003），是最早从事骨髓移植研究和临床应用的人之一。

该院是全日本最早在大学附属医院内设立可制造基因治疗中的基因载体即病毒载体临床制剂的设施医院，也是日本最早的癌症基因治疗临床研究医院。

2011年成立了日本第一个脑肿瘤外科科室。该院还推动了利用病毒治疗癌症的病毒疗法的临床开发，并于2021年获得了全球首个针对脑肿瘤的病毒疗法药物（G47Δ）的生产和上市许可。目前，该院是日本国内唯一一家可以接受脑肿瘤病毒治疗作为保险医疗的医院。脑肿瘤的病毒疗法、胃肠道和泌尿器官的机器人手术、造血干细胞移植、艾滋病的最新疗法以及血友病的关节手术是目前正在实践的一些前沿医学疗法。

该院尖端缓和医疗科室，在对癌症进行标准治疗的基础上，可提供染色体分析个别化医疗，协调医疗与疾病之间的矛盾，大大减轻患者在治疗过程中身体上所受到伤害，通过药物和非药物等方法，为患者减轻身体上和心理上的痛苦，让患者舒服。专业的理疗医师能更好的引导患者家属，帮助家属决策，帮助患者家属与患者更好地沟通。对于那些疾病进入终末期的患者，医生用医学专业和人文精神，帮助患者和家属平安度过那段艰难时光。