间充质干细胞广泛分布于骨髓、骨膜、松骨质、脂肪、滑膜、肌、胎肝、乳牙、脐带、脐带血中。在多数组织中含量甚微，且不易取而难以广泛应用。因而，骨髓和脐带成为MSC的两大主要来源MSC在骨髓中的含量大约为1-OMSC/10 MNC( 单核细胞），骨髓中含有的细胞种类较多，不易提取；而脐带组织中MSC的含量大约为1MSC/600 MNC，且脐带组织中的细胞种类较少，便于MSC的分离纯化。